基于生物信息学构建支气管哮喘上皮-间质转化风险模型及其治疗中药预测

2024-04-02 220 1.71M 0

为构建列线图风险模型以确定支气管哮喘上皮-间质转化的潜在生物标志物,并预测其靶向中药。从GEO数据库下载包含172例哮喘患者和36名健康对照者痰液细胞样本的数据集GSE76262和GSE137268,其中GSE76262用作实验数据集,GSE137268作为独立验证数据集。通过limma R软件包筛选哮喘患者和健康对照者样本的差异表达基因(DEGs),将其与EMT相关基因取交集得到哮喘EMT相关DEGs,并进行功能注释和富集分析。利用Lasso回归分析筛选出核心生物标志物,同时构建列线图预测模型,并通过校准曲线、决策曲线和受试者工作特征曲线评估其诊断效能。利用CIBERSORT探讨哮喘的免疫浸润特性,并进一步分析核心生物标志物与不同免疫细胞之间的相关性。最后,在Coremine Medical数据库预测核心生物标志物靶向中药。共筛选出40个哮喘EMT相关DEGs,其中25个基因上调,15个基因下调。功能富集分析显示,这些DEGs主要参与细胞因子活性、细胞因子介导的信号通路、脂质和动脉硬化、肺纤维化等。CCL22和FKBP5被鉴定为哮喘EMT的核心生物标志物,且其诊断价值有显著意义。CIBERSORT免疫浸润分析显示,哮喘患者和健康对照者样本的免疫浸润特征存在显著差异。在哮喘组样本发现高水平的静息树突状细胞、活化树突状细胞、活化肥大细胞和嗜酸性粒细胞;而在健康对照组发现高水平的初始B细胞、CD8+T细胞、滤泡辅助性T细胞、M0巨噬细胞和M2巨噬细胞。在Coremine Medical数据库预测到小构树皮等48味靶向中药。预测哮喘EMT发生的列线图风险模型具有重要临床意义;CCL22和FKBP5可能是哮喘EMT的关键诊断生物标志物;小构树皮等48味中药可能通过作用于CCL22和FKBP5来干预气道重塑,发挥对哮喘的治疗作用。 



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